圖中，最新版本的雙孔類爬行動物這棵樹(圖一)，看似分支複雜難解，假若你會"看樹"，就可以順藤摸瓜，一目了然、津津有味了。以羊膜動物類群為基幹，也就是指所有登陸、產卵，行嶄新生殖策略的這一群脊椎動物。根據頭骨上眼眶後的開孔（稱為顳孔）型式，區分成無孔類群（即，龜鱉類）；單孔（下孔）類群（即，似哺乳爬行動物與哺乳動物），與雙孔類爬行動物這就是樹型中最基底的分支群。其中，有兩支分類位置不甚明確的大鼻龍型類群（包括中龍），以及離龍類群（包括潛龍)。
雙孔類爬行動物這個家族，主要分支成兩大系譜：初龍型類群與鱗龍型類群。先講初龍型這個家族，這裡有兩大支系-一個是恐龍的親戚們，包括了翼龍、馬拉鱷與恐龍本身，以及牠們的旁系祖先們（即，各式古鱷類）。這一個支系是普羅大眾最有興趣的，也是俗文化中最被傳頌，或者穿鑿附會的。另外一支系就 是鱷型動物家族，包括了中生代晚期以來非常多樣性的原鱷、中鱷、以及新鱷家族。到現今，侷限成為恆河鱷、短吻鱷，以及長吻鱷類。最近，我們研究的一件在澎湖西嶼發掘到的，中新世馬來鱷類群的一個嶄新種屬-潘氏澎湖鱷，是亞洲同時期保存最完整的化石個體，體長可達5公尺。
在鱗龍型的第二個大分支家族中，包括了三個主要的分支：即，魚鰭類群、鰭龍（蜥鰭）類群、以及有鱗類群。先談魚鰭類群，顧名思義是指牠們鰭狀肢生長的就像魚類模樣，是趨同演化的結局。這就是我們所熟知中生代（三疊紀到白堊紀結束）的魚龍家族。牠們悠游在中生代海洋中，分支多樣性，但是祖先從何而來，卻隱昧不明，在支序圖中呈現虛線與問號的標示。科學家們企圖從三疊紀早期的岩層中，去一探究竟。
第二個鱗龍型家族中的大分支，是所稱蜥鰭類群或稱鰭龍類群。這也就是我們所熱悉、泛稱為「水棲爬行動物」的主要成員。包括了五大家族系譜：即海龍家族、楯齒龍家族、腫肋龍家族，以及純信龍家族，牠的冠群就是我們所熟悉的蛇頸龍家族。在這個系譜中，分支非常多樣。
在中生代的古地中海域 (Tethys)，或者沿海岸線巡狩；或者游行到汪洋大海中浮浮沉沉；有些甚至被懷疑能上陸產卵、築巢孵育。這也是我們研究團隊，近年來集中精力研究的對象，也是石尚博物館蒐藏中，最引以為傲的系列精品化石！
第三個分支，是有鱗類群，那就是我們俗稱蜥蜴、蛇、壁虎、石龍子的家族，以及一支在白堊紀晚期，橫行霸道於內陸海的滄龍家族。牠與現在依然存活的巨蜥類群有著近親的血緣關係。在化石記錄中，這個家族最引人入勝的滄龍家族，分佈於北美洲大陸與非洲北部，體長可以達到14公尺以上，僅僅頭骨就可以達到1公尺以上，真是當時汪洋中的巨無霸，也是汪洋中掠食者的頂層。
經由解析之後，重新看這棵枝葉扶疏的大樹，我們是否發現到「視野」不同了？自然地再一次掃描，能看出了門道？這個，我們就稱為一雙古生物學家或者系譜分類學家的眼睛，能夠通過浮面，透視真相，真是有趣又神奇!
有好友問我，為什麼無預警的結束了科學月刊「冥古書齋講古」專欄。一時也難說的清楚，江郎已才盡，是我的制式回應。當年欽羨哈佛大學古爾德教授 (Stephen Jay Gould , 1941-2002)，無間斷的為美國紐約自然史博物館「自然歷史」科普期刊撰寫300篇專欄文章，那可是不枯竭的泉源啊！雖不能至，吾心嚮往之。
在專欄的2007年11月號，我寫了「大宅門的界定與起源：終曲」一文，引用了兩棵曠古經典的名樹-即，德國黑格爾(Ernst Haeckel , 1834-1919)在1866年，最早畫出的生命之樹，伴隨他的一元論哲學；以及達爾文在1837年"筆記B"的36頁，接續「我認為……」字句之後，草繪的"演化樹"原型。這都是革命性的思維，開啟了演化論的大戲登場。在「演化：一個思維之凱旋」(2001年) 一書中，作者更簡約而精華的畫出最新版本的生命大樹-所有生命分支，涵蓋在細菌 (Bacteria)、原古菌 (Archaea) 與真核生物 (Eukaryotes) 三域之中。我們，智人不過是滄海之一粟、電光之一瞬，卻又是如此的獨特無比！
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